本院現有編制內包含四個中心、一個學士學位學程、一個研究所
西灣學院由下列四個教育中心與一個學程組成： 1. 基礎教育中心 2. 博雅教育中心 3. 運動與健康教育中心 4. 服務學習教育中心 5. 人文暨科技跨領域學士學位學程 6. 社會創新研究所（籌備）
基礎教育中心致力於培育大一、大二學生基本能力與素養，在學生發展系所專業能力的同時，引領學生探索最適性的學習領域與方向，期望學生能在跨領域的學習經驗中發掘自己的特殊能力。亦推動資訊素養及程式設計教學，提升學生程式設計及運算思維之基本素養，創造更多跨領域發展加值應用的契機；更致力落實以「學習主體」為中心的理念，發展跨領域微學分工作坊、募課平台、大學之道生活營及宿舍共學等創新教學，提供豐富多元的學習機會，以切合學生真正學習需求，營造自主學習、跨域交流討論的學習風氣，均衡人文、社會與科學之基本素養。
本中心致力於推動知識跨域整合，發展「主題式博雅」課程，孕育學生跨界學習能力；持續推動通識教育架構實施暨精進課程品質、加強跨域交流及深化學生在地連結、社會實踐能力。
本中心主要負責推展本校「運動與健康」相關課程，課程目的在培養學生身體活動能力、體適能、運動技能及運動參與等。透過身體活動與運動，可以幫助健康促進並提升生命品質，這對於本校培養未來社會菁英與領導階層的理念，具有相輔相成的效果。
本中心服務學習課程為一學分必修課程，具有在地性、多元性、體驗性的特色，整合為科普教育、弱勢關懷、公民社會、社區創新、國際志工及校內服務六大類， 以此落實服務學習連結大學社會責任，並開拓多元化國際志工，培養學生參與世界公民、增加國際視野及提升國際競爭力，將持續開拓多元化國際志工類課程，服務拓展至日本與尼泊爾、柬埔寨---等東南亞國家。
因應跨領域人才培育需求、培養學生具備解決複雜社會問題的能力，以提升學生就業競爭力，中山大學在107學年度成立「人文暨科技跨領域學士學位學程」，讓有創新設計與創業理念、對於社會人文與當代科技有興趣的同學，有一個跨域學習的管道；課程著重與「共學群」合作開設議題導向式的專題課程，並強調實作能力的養成。
西灣學院於校內推動人文社會科學基礎通識教育以及專業教育等課程，以培養大學生跨領域合作與創新創業精神為目標，進而培養未來的跨領域人才。本校新增成立「社會創新」研究所，立基於西灣學院「人文暨科技跨領域學士學位學程」與「多元文化與社會創新」共學群，並整合其他學院之跨領域研究議題及「創業培力」技能，規劃導入「社會創新精神」之培育，強化「社會實踐」與跨域產學合作，期能全面性發揮跨領域創新教學之綜效。
西灣學院全英語卓越教學中心於110學年度第一學期正式成立，旨在提供學生優質的通識教育學習經驗，支持教師實現卓越創新的教學，協助教師達到既定教學目標，並加強校內各單位的合作夥伴關係，以營造充滿活力、知學並用的學習環境和體驗。
整合國立中山大學教學與研究資源，以推動公民素養調查與相關的學術研究和活動。
國立中山大學位於高雄這座國際級的大型海港城市中，且鄰近左營國家訓練中心，具絕佳的地理條件。設置「運動健康產業研究中心」，對於體育學術及運動健康產業研究，可透過承接國家重大專案計畫，逐步成為我國體育學術研究的領航者。
