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西灣學院編制設有四個教育中心,以及一個學士學位學程及研究所組成:

1. 基礎教育中心

2. 博雅教育中心

3. 運動與健康學習中心

4. 服務學習教育中心

5. 人文暨科技跨領域學士學位學程

6. 社會創新研究所

本校為推動雙語教育政策,於110學年度第一學期正式成立西灣學院全英語卓越教學中心(任務編組一級中心)。

院級組織及委員會議如下圖: